知识产权纠纷是民商事纠纷中较为复杂，也是较为专业的纠纷。而诉讼中的证据是解决纠纷的和裁判的关键。那么知识产权纠纷案件中，当事人可以采取哪些调查取证的方式？
1、自行取证和委托律师调查取证
由于知识产权案件专业性较强，由权利人自行取证，对取证的方向和范围把握的十分准确会有一定的难度。律师是专业从事法律工作的，以向社会提供法律服务为职业。律师不仅具有丰富的法律知识，而且具有丰富的办案经验和熟练的诉讼技巧，能在不同的诉讼阶段当事人作出适当的选择。
一般说来，律师调查取证要比当事人调查取证方便得多，收集证据的范围也更加广泛、精确。在司法实践中法官往往也会对律师另眼相待、提供更多的方便。
2、申请公证机关进行证据保全
公证机关的法定业务之一便是“保全证据”。公证证据具有推定为真的效果。《民事诉讼法》第69条规定：“人民法院对经过公证证明的法律行为、法律事实和文书，应当确认其效力。但是，有相反证据足以推翻公证证明的除外”。公证机关对证据进行保全，其效果与法院依职权所进行的保全，是相等的。在诉前，当事人能够充分运用公证机关收集、保全证据，是一个做好诉前准备的有效措施。
3、申请法院进行诉前证据保全
2002年最高法院《关于民事诉讼证据若干问题的规定》第25条：“法律、司法解释规定诉前证据保全的，依照其规定办理”。这就为当事人或利害关系人向法院申请诉前证据保全确定了一个合法依据。
最高法院2002年1月实施的司法解释《关于诉前停止侵犯注册商标专用权行为和保全证据适用法律问题的解释》，规定了在商标权侵权案件中，可以申请诉前证据保全。
最高法院2001年7月1日实施的《关于诉前停止侵犯专利权行为适用法律问题的若干规定》第16条也规定了诉前证据保全。
最高法院2002年10月15日实施的《关于审理著作权民事纠纷案件适用法律若干问题的解释》第1条规定：“人民法院受理以下著作权民事纠纷案件”，其中有一项就是：“申请诉前财产保全、诉前证据保全案件”。可见，申请诉前证据保全在知识产权侵权案件中是大量存在的。
保全措施后，当事人或利害关系人应在法定时间段里提起诉讼。如果没有向法院提起诉讼，则此种保全措施应当予以解除，或者将有关证据予以销毁或发还，同时申请人还要就此所造成的损失承担赔偿责任。
4、申请人民法院调取证据
我国《民事诉讼法》第六十四条规定：当事人及其代理人因客观原因不能自行取得的证据，或者人民法院认为审理案件需要的证据，人民法院应当调查收集。基于此当事人往往在提起专利侵权，商标侵权和著作权侵权诉讼的同时，提出一份调取证据申请，调取的证据通常又分为三类：第一，保全被控侵权产品;第二，调查被控侵权单位的财务账册，以便确定赔偿额;第三，调取被控侵权人存在侵权的证据。
根据《民事诉讼法》及最高法院有关司法解释的规定，法院调查收集证据有两种运作方式：一是主动依职权调查收集证据。在涉及可能有损国家利益、社会公共利益或者他人合法权益的事实以及有关程序事项时，法院应当主动依职权调查和收集证据，而无需当事人提出取证申请。二是根据当事人的申请取证。
在法院主动依职权调取证据的范围被缩小了以后，当事人提出证据调查的申请变得日益重要。如果缺乏当事人及时提出的证据调查申请，法院一般不主动调查证据。在当事人提出证据调查申请后，法院是否启动调查取证的机制还取决于法院的审查判断，只有在当事人提出的该项申请符合法院取证范围之时，法院才有义务调查取证，否则法院应当驳回该项申请。
当事人申请法院调查取证应当注意两点：一是申请调查的证据范围，必须符合法定情形;二是此项申请必须注意举证时限。
法院通常采取的措施是对易拍照的被控侵权产品采用拍照的方式，或采用记录下被控侵权产品的技术特征的方式，对易于调取的书籍、商标实物等采用扣押、提取等手法，而对于被控侵权人的财务账册往往因侵权人的阻挠或隐藏而极难得到。
5、申请行政机关调查取证
我国的《专利行政执法办法》第五章对调查取证有专章规定。管理专利工作的部门在查处案件的过程中，可以根据需要依职权调查收集有关证据。可以查阅、复制与案件有关的合同、帐册等有关文件;询问当事人和证人;采用测量、拍照、摄像等方式进行现场勘验。
涉嫌侵犯制造方法专利权的，管理专利工作的部门可以要求被调查人进行现场演示。涉及产品专利的，可以从涉嫌侵权的产品中抽取样品。
